L’idea del restauro è quella di riportare in vita e rispettare i segni del tempo che la ex Chiesa ci mostra; primo tra tutti il portale della facciata principale che rappresenta un importante lavoro di artigianato che si caratterizza per la piccola statua di Sant’Agnese e gli stipiti lavorati che risalgono a fine del ‘400, attribuibili a Giovanni Maria Mosca.
Durante gli scavi per il restauro, vi sono stati importanti ritrovamenti nel sottosuolo della Chiesa: alcuni sepolcri del XIII e del XV secolo, in due stratificazioni diverse, e frammenti di affresco presumibilmente del Trecento ricollegabili all’influenza giottesca, ancora in fase di studio ad opera della Soprintendenza.
Tra i sepolcri sono stati ritrovati nomi importanti di alcuni personaggi padovani, ad esempio un certo Patriarchi – autore di uno dei primi dizionari di dialetto veneto – italiano (fiorentino). Inoltre, durante i lavori di scavo a due metri di profondità è stata ritrovata traccia di una strada risalente all’epoca romana che si è deciso di conservare e rendere parte dell’esposizione permanente nell’area storica.